一、质粒的粗提取物通常包含三种构型的质粒DNA：

1. 共价闭合环状DNA(cccDNA)

这是质粒DNA中最常见的构型，其两条链没有断裂，形成一个完整的闭环结构。由于其高度的稳定性和完整性，cccDNA被广泛应用于基因工程。电泳时，质粒的迁移速度由快到慢依次为：超螺旋 DNA > 线性 DNA > 开环 DNA。

2. 质粒提取方法

质粒提取的目的是去除RNA，将质粒与细菌基因组DNA分开，同时去除蛋白质及其它杂质，从而得到相对纯净的质粒。提取过程主要包括三个步骤：菌体扩繁、菌体裂解以释放质粒DNA以及质粒DNA的分离与纯化。

常见的质粒提取方法包括：

碱裂解法

此方法使用如OMEGA、BIOMIGA、Sigma等品牌的质粒提取试剂盒，这些试剂盒大多基于碱裂解法进行优化和改进。其原理是基于共价闭合环状DNA与线性DNA的拓扑结构差异。在强碱环境下，细胞壁被破坏，质粒DNA释放出来，同时线性DNA遭到变性。虽然在强碱条件下共价闭合环状质粒DNA也会变性，但其互补链仍会紧密结合。此后加入缓冲液恢复pH至中性，复性较快的ccDNA可以从上清中回收，而线性DNA则较慢形成大型复合物。该方法操作简单，成本低，但提取纯度可能不够高。

煮沸法

此法通过将细菌悬浮于含有溶菌酶的缓冲液中并加热至100℃进行细胞裂解。尽管加热可以破坏细胞壁，但闭环的质粒DNA由于其拓扑结构仍然保持完整。该方法不仅适用于小于15kb的质粒，而且对多种大肠杆菌菌株均有效，不过操作条件较剧烈，易造成质粒断裂。

小量一步提取法

根据质粒DNA和细菌染色体DNA的大小差异，受机械力作用后，染色体DNA会被断裂并缠绕在细胞碎片上，而质粒DNA则会复性并溶于溶液。通过高速离心，可以有效分离出纯净的质粒DNA。

试剂盒法

基于改良的SDS-碱裂解法，结合硅胶膜在高盐及低pH条件下结合DNA，利用这一原理可以快速纯化质粒DNA。具体操作过程在强碱条件下释放质粒DNA，并通过离心去除杂质，最后可采用乙醇沉淀或硅胶膜吸附的方式进行质粒收回。

酶解法

利用特异性酶裂解细胞壁释放质粒DNA，步骤包括细胞收集、酶处理、裂解及纯化。此法的优点在于提取纯度高，适合高需求实验，缺点则是成本较高，操作过程较长。

其他方法

还有一些其他的方法如离子交换法和超离心法，通过质粒与离子交换介质的结合或利用密度差异进行分离。

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