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科研人别再纠结!尊龙凯时教你选择scRNA-seq或snRNA-seq!

发布时间:2025-02-28   信息来源:孙琳苛

首先,通过两个案例分析scRNA-seq与snRNA-seq之间的细微差异。案例一的参考文献为:Asingle-cellandsingle-nucleusRNA-Seqtoolboxforfreshandfrozenhumantumors,发表在期刊Nature Medicine(IF58)。该研究材料为人肿瘤组织,应用技术是scRNA-seq与snRNA-seq。在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞和NK细胞,而snRNA-seq则检测到更多的实质性细胞,如神经嵴和神经内分泌细胞,并且免疫细胞的检出显著降低。在乳腺癌转移样本中,scRNA-seq与snRNA-seq的检测结果与上述结果基本一致,且二者在UMAP图中的重合度较高,各个cluster均有检测到,不过占比差异较为明显。

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案例二的参考文献为:Apan-grasstranscriptomerevealspatternsofcellulardivergenceincrops,发表在Nature(IF505)。该研究材料为泛草,采用scRNA-seq与snRNA-seq技术。研究表明,两者能够良好反映完整组织的表达模式(相关性系数r≥0.7),且特异基因的表达模式基本一致。不过,作者比较了两者的数据差异,发现scRNA-seq在泛草中能够检测到更多的转录本和基因数量,而snRNA-seq因未经过组织解离的过程,GO结果显示出更低的应激反应。此外,在玉米的snRNA-seq细胞图谱中发现了新的细胞亚群。作者总结了这两种技术的优势互补,指出联合分析能够发挥更大的技术优势。

接下来,通过两个案例展示这两种技术的优势互补和强大能量。案例三的参考文献为:Cellsoftheadulthumanheart,发表在Nature(IF505)。本研究材料为人心脏,应用技术为scRNA-seq与snRNA-seq。该文章通过联合数据获取完整的人心脏细胞图谱,强调了心肌细胞、周细胞和成纤维细胞的异质性,并揭示了不同发育起源和特性的心房及心室细胞亚群,这提高了研究者对人类心脏的理解,为未来的研究提供了有价值的参考。

案例四的参考文献为:Single-cellmulti-omicandspatialprofilingofhumankidneysimplicatesthefibroticmicroenvironmentinkidneydiseaseprogression,发表在Nature Genetics(IF317)。研究材料为人肾脏,应用技术涵盖scRNA-seq、snRNA-seq、scATAC-seq及10x Visium、CosMx空间转录组测序。这篇文章分析了81个肾脏样本中近338,600个单细胞/细胞核,旨在揭示健康与疾病状态下肾脏细胞类型和组织结构的复杂性,并明确纤维化微环境在肾病预后中的作用。

scRNA-seq和snRNA-seq分别通过不同的方法(如细胞解离和核提取)获取细胞内部的基因表达信息。这两种技术已较为成熟,其中scRNA-seq作为主流的单细胞检测技术,对识别免疫细胞和小胶质细胞有显著优势。而在一些脆弱的基质细胞(如肝实质细胞和肾足细胞)或直径较大的细胞(如神经元和心肌细胞)中,snRNA-seq技术具有较大优势。两者的优势互补使得在必要时,我们可以在同一研究课题中结合运用这两种技术,以达到研究目的。

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