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生物医疗数据库攻略:人生就是博-尊龙凯时的ImmPort资源库介绍

发布时间:2025-07-26   信息来源:习初东

人生就是博-尊龙凯时的ImmPortResources是ImmPort数据库(Immunology Database and Analysis Portal)中的一个重要模块,提供了丰富的免疫学参考数据和信息,为免疫组学研究提供支持。以下是对该模块中各种实用资源的详细介绍。

生物医疗数据库攻略:人生就是博-尊龙凯时的ImmPort资源库介绍

一、免疫组学参考数据集

ImmPort对自身已有的研究项目进行了整合和分类,按照不同研究方向和计划,研究者们可以根据自己的研究目标选择适合的Program,从而精确筛选出目标项目及其相关数据集。

二、细胞、基因与分子数据库

ImmPort整理并收集了与免疫学相关的细胞、基因及其分子功能的注释信息,以方便研究者查阅,具体包括以下几个模块:

  • Cell Ontology Browser:这是一个标准化的免疫细胞类型分类系统,旨在解决免疫学和单细胞研究中关于细胞类型命名混乱的问题,促进数据的整合和跨研究比较。
  • immuneXpresso:这是一个基于文本挖掘的免疫细胞互作分析引擎,能从大量文献中提取免疫细胞与细胞因子间的相互作用关系。不过,目前此模块已关闭,研究者仍可下载过去的互作关系列表。
  • Gene List:该模块精选了来自Reactome和GO数据库的免疫学相关基因列表,涵盖了免疫系统及其过程,适合研究者关注这些基因的功能及表达模式。
  • Cytokine Registry:收录细胞因子、趋化因子及其受体信息,实现统一的命名规范,以解决不同数据库间的命名差异,为免疫学研究提供可靠的术语基础。
  • Immune Regulation:该模块可识别目标免疫系统基因的调控因子,用户只需输入目标基因及对应研究项目,即可查找相关的调控因子信息。

三、实用分析工具

ImmPort提供了一些实用的分析工具,包括:

  • ImmPort API:提供应用程序接口(API),用于查询和下载ImmPort数据库中的共享数据。
  • Immcantation:为适应性免疫受体组库(AIRR)数据提供一套从数据预处理到深度分析的完整工具,支持Python和R语言。
  • Deep Learning for Cytometry Data:提供教程指导用户利用Keras和TensorFlow构建基于CyTOF数据的深度学习模型,帮助诊断CMV感染等,并进行模型可解释性分析。

本期内容详细介绍了ImmPort数据库Resources模块中的重要参考数据集和实用分析工具,希望对各位研究者有所帮助。如果您对其他数据库感兴趣,请在评论区留言哦。